Mega Man Xtreme 2

เกิดเหตุการณ์ลึกลับขึ้นบนเกาะวิจัยของเหล่า Reploid พวกมันหยุดทำงานอย่างไม่มีสาเหตุ ข้อมูลภายในถูกลบเกลี้ยงอย่างน่าประหลาด และเมื่อทีมสืบสวนเดินทางเข้าไปตรวจสอบ ก็พบกับ Reploid ที่ตกอยู่ในสภาวะ "irregular" เนื่องจากถูกฝัง DNA chip ลึกลับชนิดใหม่ไว้ในร่างกาย chip ปริศนานี้ถูกเรียกว่า "DNA Soul" ซึ่งทำหน้าที่แทนที่ข้อมูลที่มีประโยชน์ด้วย Sigma virus อันน่าสะพรึง ส่งผลให้เหล่า Reploid ทั่วทุกหนแห่งตกอยู่ในอันตรายขั้นวิกฤต บัดนี้ถึงเวลาแล้วที่ Mega Man X และเพื่อนร่วมรบอย่าง Zero จะต้องมุ่งหน้าสู่เกาะที่ถูกทำลายแห่งนี้ เพื่อสืบหาความจริงว่าใครกันแน่ที่อยู่เบื้องหลัง DNA Soul virus