S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat

เหตุการณ์ใน S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat ดำเนินต่อเนื่องมาจากช่วงท้ายของ S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl เมื่อรัฐบาลค้นพบว่าเส้นทางสู่ใจกลาง Zone ได้เปิดออกแล้ว จึงตัดสินใจเปิดปฏิบัติการทางทหารครั้งใหญ่ที่มีชื่อรหัสว่า "Fairway" เพื่อเข้ายึดการควบคุม CNPP ตามแผนปฏิบัติการ กองกำลังชุดแรกจะต้องทำการสำรวจทางอากาศเพื่อทำแผนที่ตำแหน่งของ anomalous fields อย่างละเอียด ก่อนที่กองกำลังหลักจะเคลื่อนพลตาม ทว่าแม้จะเตรียมการมาอย่างรัดกุม ปฏิบัติการกลับล้มเหลว เฮลิคอปเตอร์ในกองหน้าส่วนใหญ่ตกลงสู่พื้น หน่วยความมั่นคงของยูเครนจึงส่งเจ้าหน้าที่ลับเข้าไปในใจกลาง Zone เพื่อสืบหาสาเหตุที่ทำให้ปฏิบัติการครั้งนี้พังทลาย และนับจากนี้ ทุกอย่างอยู่ในมือคุณ